Caracterización de la microbiota vaginal de la llama (Lama glama) mediante el análisis del GEN 16S

Abstract

Con el fin de determinar la variedad de microrganismos vaginales poco estudiados en la llama se planteó el siguiente objetivo: Caracterizar la microbiota vaginal de la llama (Lama glama) mediante el análisis del gen 16S. En la metodología se realizó el análisis metagenómico, se inició con la toma de muestras mediante el hisopado vaginal en llamas del Centro Experimental la Raya, seleccionando cinco animales por grupo (vacías y preñadas) de dos años de edad, se realizó la extracción del ADN bacteriano utilizando un kit comercial Genomic DNA from tissue (marca: Macherey-Nagel, Lote: 2208-004), se realizó el secuenciamiento mediante el kit 16 S Barcoding KIT 24V14 (SQK-16S114.24) siguiendo las instrucciones y para el análisis bioinformático se utilizó el software libre epi2melabs/wf-16S (v1.3.0) desarrollado por Metrichor Ltd., filial de Oxford Nanopore Technologies, en cuyo flujo de trabajo incluye uso de pysam 0.21.0, pandas 2.0.3, fastcat 0.15.1, minimap2 2.26-r1175, samtools 1.18, taxonkit v0.15.1, kraken 2.1.3. Los resultados indican que la microbiota vaginal en las llamas vacías se halló 91 géneros de bacterias, las de mayor abundancia fueron Pseudomonas con 43.06%, Bacteroides con 18.80%, Stenotrophomonas con 4.68%, Mycoplasmopsis con 3.65%, el componente no clasificado fue de 11.43% de las lecturas. Y en las llamas preñadas, se halló 72 géneros de bacterias, las de mayor abundancia fueron Shigella con 19.47%, seguido de Escherichia con 18.71%, Mycoplasmopsis con 12.78%, Prolinoborus con 11.19%, el componente no clasificado fue de 11.81% de las lecturas. Se concluye que la abundancia bacteriana de la microbiota vaginal presenta diferencias entre llamas vacías y preñadas, sin embargo, la composición presenta variaciones mínimas.